A Escola Vila Verde adota a pedagogia de projetos amplos, em que os estudantes têm ampla liberdade de escolha dos assuntos em que querem se aprofundar, aliada a uma visão inspirada no budismo que valoriza aspectos fundamentais nas relações a partir da empatia que se aprofunda na direção do autoconhecimento.

A gestão se dá num processo aberto no qual é possível receber ajuda das várias pessoas na medida do seu interesse e disponibilidade, sem aprisionar ninguém dentro de abordagens e tarefas específicas.

A Escola Vila Verde adota uma estratégia de salas bisseriadas, com o objetivo de desenvolver o espírito de solidariedade e cooperação entre os estudantes, em que o estudante mais velho acolhe e se responsabiliza pelos mais jovens em sua sala, ao mesmo tempo em que é acolhido pelos colegas dos anos superiores.