Organizada em cinco ciclos, a Escola Inkiri possui uma estrutura que conta com uma sala para o Ciclo 1, uma sala para o Ciclo 2, uma sala para os Ciclos 3, 4 e 5, duas salas de leitura e projetos, uma sala criativa, uma sala de brincadeiras, cozinha, espaço com arvores e brinquedos ao ar livre, pista de skate, espaço da horta.

Pelo fato de a escola ser uma Comunidade de Aprendizagem em construção, outros projetos que são da Comunidade Inkiri são aproveitados pelas crianças: marcenaria, agrofloresta e hortas (Escola da Natureza), cozinha com equipe de culinária (Café Lotus), local do feitio de produtos biodegradáveis (Plante!), coleta de resíduos (Escola da Natureza) e diferentes formações, como animal totem, o despertar do palhaço e surf, yoga e música.

A equipe é constituída por oito educadores, sendo dois auxiliares de serviço e um administrador. A escola também conta com a Comunidade de pessoas que a rodeia, que podem ser convidadas a participar, como tutores em projetos específicos.

Cada educador é a referência de um Ciclo. A partir do Ciclo 2, as crianças começam a escolher e executar seus Projetos, que podem ser individuais ou coletivos, e o Educador referente a esse Ciclo os acompanha. Já os educandos dos Ciclos 3, 4 e 5 podem escolher fazer projetos, também individuais ou coletivos, com qualquer um dos Educandos referentes a esses três Ciclos.

Os projetos levam em conta o protagonismo dos Educandos, o desenvolvimento da sua criatividade (capacidade para resolução de problemas), socialização e relações de ensino-aprendizagem, baseadas na afetividade entre o Educador e o Educando. De 15 em 15 dias é realizada uma assembleia onde as crianças decidem sobre os acordos que serão realizados na Escola.