A gestão da Escola Amorim Lima é realizada nas instâncias participativas e democráticas. A Assembleia de Pais reúne-se mensalmente para discutir assuntos pertinentes ao cotidiano da escola. Privilegia o trabalho de pesquisa e a aula expositiva deixa de ser o instrumento preferencial de transmissão e aquisição de saber, passando a ser um recurso utilizado pontualmente.

O principal ambiente do trabalho educativo são os três grandes salões de pesquisa em que alunos e educadores desenvolvem as pesquisas como eixo norteador da construção do conhecimento e dos princípios de convivência. Cada aluno tem um educador tutor. Esse educador é responsável pela avaliação do processo de desenvolvimento integral do estudante.

Tem rede de parcerias envolvendo toda a comunidade escolar, universidades, organizações sociais e fundações. Tem projetos com a Universidade de São Paulo (USP) nas áreas de matemática, física, biologia e letras.