O Colégio Guaiaúna possui como princípio organizador do ambiente educativo a centralidade no estudante, que é orientado a exercer as atividades em seu tempo e ritmo.

Possui projetos conjuntos com ONGs e com o comércio local. Tudo se desenvolve com a finalidade de ouvir e respeitar o estudante, fazendo com que ele se sinta motivado e/ou ativo no processo educacional. Os estudantes possuem autonomia, orientação e estímulo para executar suas tarefas.

Anualmente implementa o projeto “Asas da imaginação”, em que os alunos do fundamental II criam e escrevem uma obra literária e os do fundamental I elaboram as ilustrações. O livro é completamente produzido pelos alunos, desde a escolha e elaboração da capa, do título, até a produção final. O livro é lançado numa tarde de autógrafos, com a presença dos pais, familiares e comunidade.